La tradició explica que la Vall de Sant Aniol constituí el refugi d'un grup de monjos benedictins que cercaren protecció arran del desembarcament dels normands a les costes del Rosselló i la subsegüent destrucció del monestir de Santa Maria d'Arlés.
Documentalment es prova que l'any 872 hi havia a la vall un monestir dedicat a Sant Aniol regit per l'abat Racimir, al qual el rei franc Carles el Calb havia confirmat a possessió d'un extens territori.
Sant Aniol d'Aguja es troba al final de la vall on neix el riu Llierca. Ha estat modificada especialment al segle XX. Es tracta d'un temple amb una nau rectangular i absis semicircular, aquest decorat amb faixes i arquets llombards repartits de manera desigual entre les faixes. Al centre presenta una finestra de doble esqueixada.
Sant Aniol d'Aguja és emplaçada en un gran bloc de pedra tosca, que ha estat excavat, en part artificialment, per formar-hi una mena de cripta, a la qual hom accedeix des de l’església per un passadís buidat a la roca.
És difícil datar aquesta cripta o pseudo-capella rupestre, tot i que hom no pot excloure que sigui coetània del temple, i fins i tot, anterior.
L'accés és a ponent on hi havia un campanar d'espadanya de dos arcs que actualment no es conserva.
Fotografies de Juli Vintró i Casallachs (Barcelona, 1863 – 1911) Arxiu Fotogràfic Centre Excursionista de Catalunya
La façana i cos de ponent es va veure alterat durant el conflicte bèl·lic que s’iniciava amb l’alçament els militars feixistes encapçalats pel general Franco contra el govern LEGÍTIM i DEMOCRÀTIC de la II República, en què es va cremar i enderrocar la zona de la porta amb el campanar d'espadanya.
Posteriorment, entorn de 1945, els soldats destacats (protegint els passos cap a la frontera amb França) en aquell indret van desenrunar l'església.
El 1952 es va començar a reconstruir la façana uns metres més enretirada cap al què havia estat l'interior de la nau central.
Actualment aquesta façana presenta un mur de pedra i morter, poc acurat amb una rosassa senzilla i una porta amb llinda, decorada amb un timpà de pedra amb una creu esculpida envoltada per cinc boles. El campanar d'espadanya ha estat substituït per un de més petit, d'un sol ull, obrat amb rajol. Just abans d'entrar es pot observar el perímetre original de l'església, a la qual s'accedia a través d'unes escales de pedra.
L'interior de la nau es pot observar el terra enrajolat, i una coberta amb volta de mig punt i presbiteri sobrealçat amb altar de pedra. A banda i banda de la nau central es pot observar un banc corregut i petites capelles.
A tocar de l'altar, hi ha una petita porta per la qual s'accedeix a la Cova de l'Abat, balma subterrània formada per les filtracions de les aigües i que s'ha convertit en capella, amb un altar d'obra adossat a la pedra. És de tradició que Sant Aniol vingué des de Vallespir a fer penitència aquí, fins que fou descobert el seu amagatall i tornà a França, on fou martiritzat.
Als anys vuitanta del segle XX la teulada va ser arranjada per part de la Unió Excursionista de Banyoles.
Actualment s'estan portant a terme obres de recuperació del mas que estava al costat per donar-li la funció de refugi finançat en part per diverses associacions i entitats. Pel que fa a l'església, són les mateixes entitats (Unió Excursionista de Banyoles, Associació Terra Aspra i el Grup Excursionista de Sant Llorenç de Cerdans) que han format els Amics de Sant Aniol d'Aguja i que es cuiden del seu manteniment, obres i reparacions de tot el conjunt
http://invarquit.cultura.gencat.cat/Cerca/Fitxa?index=0&consulta=&codi=10035
https://www.enciclopedia.cat/ec-gec-0059442.xml
https://www.enciclopedia.cat/ec-catrom-0427001.xml
http://www.guimera.info/wordpress/coneixer/sant-aniol-daguja-garrotxa/
https://algunsgoigs.blogspot.com/2014/06/goigs-sant-aniol-daguja-montagut-i-oix.html
http://www.amicsdesantanioldaguja.cat/sant-aniol-daguja/retalls-dhistoria/ermita/
No conèixer la Garrotxa és un pecat mortal.